从贪污贿赂案件的办理实践来看，目前在认定和使用此类案件证据过程中主要存在以下问题：

一、在直接证据“一对一”，间接证据尚未形成完整的证明体系

在直接证据“一对一”，间接证据尚未形成完整的证明体系、足以排除其他可能情况下定案。如方某贪污案。起诉书指控被告人任某公司经理期间，利用全面掌握公司产、供、销和人、财、物的权力，采取口头通知形式，在所属企业之间无偿平调产品，强令下属企业给其送钱不打收条等手段，先后侵吞公款十万余元。但方始终不供，除证人证言外，没有其它足以证明贪污犯罪事实的书面凭证，且赃款又查无下落，在交接款这一环节上直接证据“一对一”。尽管有送款一方的其他证人证明目送一人进方办公处交款，但未亲眼见到向方交出，送钱人将款占为已有而欺骗其他证人的可能性无法排除。因此，得出方贪污十万元的结论不是肯定的和惟一的。贿赂案件中，类似这样的证据情况而轻易定案的现象较多。

二、轻信被告人口供

轻信口供定案，不注意查获赃款赃物等其他证据。如黄某贪污案。黄供认贪污公款一万元，但侦查中没追问贪污的具体款项，更未对赃款进行搜查、扣押或提取，只是让其本人交出，结果以贪污罪定案移送起诉后，黄又称此款是为了归还本单位的外欠款，且款在办公桌内未动，经核查情况属实。认定黄贪污显然证据不充分。

三、只强调控诉证据，忽视辩护证据

只强调控诉证据，忽视辩护证据也是常见问题。如陈某受贿案。陈某与刘某签订了供货合同，刘为了让陈及时发货，即与李某、刘妻曹某三人商议由李送给陈二万元。此款在刘某的公司帐上载明由李取走。李给陈送钱时，只有李、陈二人。根据李关于单独送给陈二万元和刘、曹均一致证明让李送款的证言以及李取走二万元的书证，认定陈犯受贿罪，而对陈辩称李为让帮助其公司曾给费用二万元这一影响罪与非罪的情节却置之不理。陈既有受贿可能，又有根据李的请求，用此款给李联系办公司使用的可能，李也完全有可能拿刘的钱为自己办事。这些可能性在没有得到合理的排除之前，无法认定陈受贿二万元。

　　四、有罪证据与无罪证据混杂

有罪证据与无罪证据混杂，没有排除证据本身以及证据与证据之间的矛盾而草率定案，如杨某受贿案。杨曾供认受贿几十万元，但同时又称此款是他人交给的委托购房款，且又有委托购房书。到底是杨受贿还是委托购房各有一定的证据材料，卷宗中杨的口供前后矛盾，口供与行贿人证言、杨的口供与杨妻的口供之间以及口供前后矛盾，证言与委托书之间均存在矛盾。在有罪与无罪证据并存，证据本身及证据与证据之间的矛盾没有彻底排除之前，认定和使用有罪证据得出杨受贿犯罪的结论是不妥的。